임진왜란 때 불길에 휩싸이며 폐허가 된 경복궁에서 정체불명의 시신이 발견된다. 얼마 전까지도 활발히 활동하던 책쾌는 행방이 묘연하고 극악무도한 혼돈계가 습격과 약탈을 일삼으면서 민심은 흉흉해진다. 얼떨결에 경복궁을 지키는 수문장이 된 병욱은 부하 두 명과 함께 어둠에 잠긴 궁궐을 지키려 분투하지만, 한양 한복판에 거대한 흉터처럼 자리 잡은 경복궁이 몇백 년간 비밀을 품고 있었다는 건 모르고 있다.

시신의 신원이 드러나고 살인 사건과 책쾌의 실종이 경복궁의 비밀과 관련이 있다는 것이 서서히 밝혀지는 동안 밤중의 경복궁에는 다양한 존재들이 찾아오고, 종국에는 경복궁을 중심으로 한 거대한 음모가 꾸며지기에 이른다. 경복궁의 밤을 지키는 병욱과 부하들은 자신들에게 주어진 임무를 충실히 수행하고 음모를 분쇄하기 위해 목숨을 건 싸움에 나선다.